真菌病分浅表和深部2大类。浅表真菌病侵犯表皮、毛发和甲板。深部真菌感染指真菌侵犯真皮、黏膜和脏器。近年来其发病率不断增加，是医院内感染中重要的疾病，且常是免疫虚损宿主的致死性感染。广义的真菌病还包括真菌引起的过敏症及真菌毒素所致的疾病。
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